Dzieło to, bardziej literackie i "baśniowe" w treści, pełne odwołań do Biblii i wiary chrześcijańskiej, było różnie oceniane przez badaczy późniejszych wieków. Niektóre stwierdzenia Chmielowskiego zachowały się do czasów obecnych i funkcjonują w sferze kultury języka - jak choćby słynne "koń jak jest, każdy widzi".
Stwierdzenie to, traktowane jako truizm nie mający nic wspólnego z encyklopedycznym ujęciem nie jest jednak jedynym opisem konia: cytujący pozbawiają je dalszego, dość obszernego opisu tego zwierzęcia i w nim Chmielowski dokonał nawet próby podziału na poszczególne rodzaje - jak choćby konie turecki czy hiszpańskie. Prawdą jest też to, że oprócz wielu ciekawostek, absolutnie uprawnionych do miana encyklopedycznych w swoim charakterze, a nawet potwierdzanych badaniami empirycznymi, Chmielowski w wielu miejscach swojego dzieła bazuje na mitycznych przekazach, niesprawdzonych relacjach czy wręcz wymysłach pełnych magii i wróżb. Całość jednak odwołuje się bezwzględnie do wiary chrześcijańskiej i biblijnego porządku rzeczy.
Już sam tytuł tego dzieła mówi wiele o jego zawartości i budzi niewątpliwy uśmiech u późniejszych czytelników. Wystarczy zapoznać się choćby z częścią tytułu: "Nowe Ateny albo Akademia wszelkiej scjencji pełna, na różne tytuły jak na classes podzielona, mądrym dla memoryału, idiotom dla nauki, politykom dla praktyki, melancholikom dla rozrywki erygowana". Obecnie treść tej "encyklopedii" można scharakteryzować jako pełna mitów, baśni i zabobonów księga kultury popularnej swoich czasów z silnym odniesieniem religijnym i w wielu miejscach przedstawiająca jedynie ziarno prawdy naukowej, historycznej i geograficznej.
Encyklopedia ta w układzie rzeczowym, a nie alfabetycznym, podzielona została na działy tematyczne obejmujące kilkanaście dziedzin wiedzy. Znajdziemy tam m.in działy: "O Bogu, relikwiach, świętych i bożkach pogańskich", "O czarcie, czarach, astronomii i astrologii", "O ludziach rzeczy niezwykłe", "Mirabilia" traktujące o różnych tajemnicach religijnych i przekazów mitologicznych, "Osobliwości o zwierzętach, roślinach i minerałach", ale też bardzo ciekawy rozdział z wieloma faktami "O Rzeczypospolitej" czy "Krótki przewodnik po innych państwach" i dalej idące rozważania etnologiczne w dziale "Różne nacje i chronologia".
Całość świadczy o niewątpliwie ogromnej wiedzy Benedykta Chmielowskiego - nawet tej, pozostającej w warstwie mitów, plotek, baśniowych przekazów i wierzeń. Wielu badaczy zauważało także ogromną pracę kompilatorską tego dzieła, świadczącą o ogromnej bibliografii składającej się na jego treść. Wielu też zbyt poważnie podchodziło do analizy faktograficznej dzieła Chmielowskiego. Nad całością jednak pochylił się mniej krótkowzroczny badacz, dr Wojciech Paszyński - badacz historii nauki i kultury, dla którego "Nowe Ateny" okazały się kapitalnym zapisem kultury epoki, zapisem odzwierciedlającym zainteresowania i poszukiwania informacji o popularnych wtedy zdarzeniach historii świata, włącznie z zabobonami czy tłumaczeniem snów, objaśnianiem mitologicznych postaci, a nawet ustalania chronologii zdarzeń stworzenia - tu głównie na podstawie Biblii.
Paszyński wskazuje bardzo negatywne przyjęcie dzieła Chmielowskiego w pracy "Ksiądz Benedykt Chmielowski – życie i dzieło Diogenesa Firlejowskiego". Czytamy tam: "Na temat twórczości Chmielowskiego powstała cała czarna legenda, która wciąż pokutuje, niestety także w naukowych kręgach. Polihistorowi przypisywano ignorancję, bezmyślne kompilatorstwo, bezkrytyczne korzystanie z zdezaktualizowanej wiedzy, nieprzemyślany układ treści dzieła. Szczególnie dziewiętnasty wiek nie był łaskawy dla jego spuścizny".
W dalszej części podaje przykłady tych negatywnych opinii: Feliks Bentkowski pisał "ani w układzie materyi, ani w wykładzie rzeczy nie widać nie tylko zdrowego gustu i wyboru, ale też i rozsądku przyzwoitego"; Karol Estreicher twierdził, że "Nowe Ateny to zbiór omyłek geograficznych, »bajecznych opisań« i w ogóle »fałszywych wiadomości«"; Józef Kallenbach gromił dzieło jako: "straszliwe kuriozum encyklopedycznej niewiedzy""; Ignacy Chrzanowski pisał, że najlepiej charakteryzuje ono ciemnotę czasów saskich, dając "wyborne pojęcie o upadku zarówno zdrowej myśli jak poczucia piękna"; Julian Krzyżanowski ostro nazwał encyklopedię "potwornymi płodami" oraz "typowym okazem grafomanii naukowej".
Według Paszyńskiego ujęcia takie nie sprostały kulturowemu znaczeniu dzieła Chmielowskiego, który bardziej tłumaczył świat i jego tajemnice czy zagadki jemu współczesnym, niż silił się na czysto naukowy zapis wiedzy o świecie. Chmielowski w wielu miejscach odnosił się do kultury szeroko pojętej, zapisanej ciekawie i z dużym kunsztem literackim. Wiele haseł pokazuje stan panujących wtedy "zabobonów", a w swoich odniesieniach i tłumaczeniach bazuje na wszelkich przekazach kulturowych. Bo jak inaczej określać informacje o smokach, czy o zasypianiu delfinów, czy o ruinach Wieży Babel albo opisach rzek piekielnych... jak się obecnie zdaje warto zajrzeć do tego dzieła - jest wiele miejsc w sieci z jego treścią, włącznie z próbami dodatkowych wyjaśnień.
Stąd słynne powiedzenie Chmielowskiego o koniu może zaowocować wieloma innymi, dość trafnymi stwierdzeniami czy próbami definicji. Warto przekonać się osobiście jaki był Chmielowski i jak można go widzieć w zapisach kultury Polski i Europy. Konfrontacja z naszą obecną wiedzą z pewnością okaże się dość ciekawym i "wesołym" przeżyciem.
